慶長6年（1601年）3月23日、家康は大坂城・西の丸を豊臣氏に明け渡して、伏見城に入ってなおも政務を執った。そしていよいよ、征夷大将軍として幕府を開くために、徳川氏の系図の改姓も行なった。「将軍になれるのは清和源氏」という慣例があったため、家康は、神龍院梵舜に命じて徳川氏の系図を源氏の源義家に通じるように整備させた。
近年の研究（笠谷和比古、煎本増夫ら）によると、家康が本姓を源氏だと公称したのはこれよりはるか前の天正16年（1588年）であるという。後陽成天皇の聚楽第行幸に際して提出した誓紙に家康が「大納言源家康」と署名しているためである。他に天正19年（1591年）、家康が相模国の寺社に出した朱印状にも「大納言源朝臣家康」と記された書判もあり、これらのことから笠谷らは「豊臣政権下で家康は既に源氏の公称を許されていた」と述べている。なお、家康は松平姓から（勅許を得て）徳川姓に改姓した際には本姓は藤原氏と公称していた。また、実際には清和源氏の出自でなくとも将軍職への就任には問題がないので、将軍になるには清和源氏でなければならないというのは江戸時代に作られた俗説とする説がある。
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慶長8年（1603年）2月12日、後陽成天皇が参議・勧修寺光豊を勅使として伏見城に派遣した。そしてここで六種八通の宣旨が下り、家康を征夷大将軍、淳和奨学両院別当、右大臣に任命した。征夷大将軍への任官に伴い、源氏長者ほかの官職を与えられる栄誉は、足利義満から始まった慣例である。
3月21日、家康は二条城で正式な将軍宣下を受け、3月25日には参内して将軍拝賀の礼を述べた。ただし、朝廷から正式な将軍宣下が行われたのは3月27日であり、この日をもって正式に江戸幕府が開かれたと見てよい。
豊臣政権の五大老であった家康が、秀吉の死から4年半で武家の棟梁としての地位を手に入れ、名実ともに豊臣氏を上回る地位を確立した。幕府開府に当たって武家諸法度や禁中並公家諸法度の制定、各制度の整備を行い、武家の統制及び朝廷の掌握に向けた法度を定めた。朝廷を掌握すれば豊臣氏が形勢挽回する道はなく、天下統一の後において政権の安泰を図る上で重要であった。